<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <div class="moz-cite-prefix">... just to add one point to
      DNA-samples:<br>
      <br>
      You can have multiple extractions (different dates, kits used,
      recovered DNA-yields) from the same tissue e.g. "INST-123456.<u>077</u>"
      (if "077" would be a tissue sample) - recording this adds
      additional sublevels, e.g. 123456.077.001, 077.002, etc. but if
      you do extractions &amp; storage in plate scale (12 x 8 samples),
      you can not assign these numbering to the plate / single wells on
      the plate ... so this system fails here.<br>
      <br>
      Also, you may have different target genes for sequencing,
      resulting in multiple samples that need encoding. This proposed
      numeric system is highly error prone (copy &amp; paste errors are
      hardly to detect because of similarity of assigned IDs) as
      discussed earlier in this thread.<br>
      <br>
      Relational linkage of various ID-formats seems to me the better
      alternative, at least if DNA / tissue collections are concerned,
      because it allows combination of suited procedures.<br>
      <br>
      All the best<br>
      Dirk <br>
      <br>
      <br>
      Am 23.08.2014 01:01, schrieb Dean Pentcheff:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CAKMaq6E-pYPShpKYeVDk8COUBC0V-tn2U+K0Q_eLd00tx8a4kw@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">
        <div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">[I have
          just discovered that I never hit "Send" on this comment.
          Sorry!]</div>
        <div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br>
        </div>
        <span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">How
          significant my objection is would be a matter of opinion...</span>
        <div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br>
        </div>
        <div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
          But here it is. What's outlined there is, in effect, a
          two-level system. There are "first class" specimen IDs (e.g.
          "INST-123456") and then one "derived" level (e.g.
          "INST-123456.077"). This is analogous to Doug's system
          described earlier.</div>
        <div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br>
        </div>
        <div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">There
          are several appealing aspects to that. One is that it's
          apparent on inspection that the ".077" item is directly
          descended from the "123456" item. Cool. Another is that it's
          easy to gather together all the objects that came from
          "INST-123456" by inspection if they're in front of you,
          intermixed with other objects.&nbsp;</div>
        <div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br>
        </div>
        <div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">There
          are some downsides, though. One is that, in situations where
          there can be multiple levels of derivation, we move to the
          more generalized system as outlined by Lena above (e.g. 123456
          &lt;- 123456.077 &lt;- 123456.077.012 &lt;- 123456.077.012.003
          ...). There's an increasing problem of length and complexity
          with this scheme. (This is not academic, by the way, we really
          do have quite a few examples where this many or more levels of
          derivation happen with objects in our collections.)</div>
        <div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br>
        </div>
        <div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">The
          particular scheme you propose also has an implicit limit to
          the number of derived objects. The "-077" implies to me that
          up to 999 items can be derived at a single level. Though
          that's probably fine for nearly every case, I think we'd agree
          that dropping one number and going with "-77" is insufficient.
          So we have a nearly-always-useless "0" floating around with
          every ID.&nbsp;</div>
        <div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br>
        </div>
        <div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">These
          are the sorts of concerns that sway me back towards a single,
          numerical, opaque identifier for every "thing" that needs
          tracking. It's up to a data system somewhere to keep track of
          the relationships (and they can also be printed on permanent
          labels where that is practical).&nbsp;</div>
      </div>
      <div class="gmail_extra"><br clear="all">
        <div>-Dean<br>
          -- <br>
          Dean Pentcheff<br>
          <a moz-do-not-send="true" href="mailto:pentcheff@gmail.com">pentcheff@gmail.com</a><br>
          <a moz-do-not-send="true" href="mailto:dpentche@nhm.org">dpentche@nhm.org</a></div>
        <br>
        <br>
        <div class="gmail_quote">On Thu, Aug 14, 2014 at 1:55 PM, Colin
          Favret <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:ColinFavret@aphidnet.org" target="_blank">ColinFavret@aphidnet.org</a>&gt;</span>
          wrote:<br>
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
            .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
            <div dir="ltr">
              <div class="gmail_default"
                style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Thank
                you to everyone participating in this interesting
                discussion. I'm at least relieved to know that there is
                no community standard, yet, and so I'm not off kilter
                having developed my own solution. As I understand it,
                palaeontologists assign separate unique identifiers to
                the different fossil specimens in/on a single object
                (?). And Specify seeks a solution to disambiguate
                "Containers" from specimens.</div>
              <div class="gmail_default"
                style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br>
              </div>
              <div class="gmail_default"
                style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">But
                unique identifiers referring to museum objects or
                specimens are not "dumb" in the same way that they are
                for localities, collection events, taxa, etc. They refer
                to physical objects located in a collection that bear a
                label with that unique identifier. That unique
                identifier is thus part of the object retrieval process
                for collection users, in addition to being for data
                retrieval.<br>
              </div>
              <div class="gmail_default"
                style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br>
              </div>
              <div class="gmail_default"
                style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">So
                can we envision a system where the unique identifier for
                the 77th specimen on a microscope slide can also be used
                as part of the object retrieval process? Or have we
                decided that, given a unique identifier for the 77th
                specimen, I'm better off having to go to the database to
                reference the museum object's ID before heading into the
                compactors? Does anyone have a significant objection to
                the decimal INST-123456.077 to uniquely refer to the
                77th specimen in/on museum object INST-123456?</div>
              <div class="gmail_default"
                style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br>
              </div>
              <div class="gmail_default"
                style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Thanks
                for the continued discussion!</div>
              <span class="HOEnZb"><font color="#888888">
                  <div class="gmail_default"
                    style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br>
                  </div>
                  <div class="gmail_default"
                    style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Colin</div>
                </font></span></div>
            <br>
            _______________________________________________<br>
            Nhcoll-l mailing list<br>
            <a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:Nhcoll-l@mailman.yale.edu">Nhcoll-l@mailman.yale.edu</a><br>
            <a moz-do-not-send="true"
              href="http://mailman.yale.edu/mailman/listinfo/nhcoll-l"
              target="_blank">http://mailman.yale.edu/mailman/listinfo/nhcoll-l</a><br>
            <br>
            _______________________________________________<br>
            NHCOLL-L is brought to you by the Society for the
            Preservation of<br>
            Natural History Collections (SPNHC), an international
            society whose<br>
            mission is to improve the preservation, conservation and
            management of<br>
            natural history collections to ensure their continuing value
            to<br>
            society. See <a moz-do-not-send="true"
              href="http://www.spnhc.org" target="_blank">http://www.spnhc.org</a>
            for membership information.<br>
            <br>
          </blockquote>
        </div>
        <br>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
Nhcoll-l mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Nhcoll-l@mailman.yale.edu">Nhcoll-l@mailman.yale.edu</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://mailman.yale.edu/mailman/listinfo/nhcoll-l">http://mailman.yale.edu/mailman/listinfo/nhcoll-l</a>

_______________________________________________ 
NHCOLL-L is brought to you by the Society for the Preservation of
Natural History Collections (SPNHC), an international society whose
mission is to improve the preservation, conservation and management of
natural history collections to ensure their continuing value to
society. See <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.spnhc.org">http://www.spnhc.org</a> for membership information.
</pre>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Dirk Neumann

Tel: 089 / 8107-111
Fax: 089 / 8107-300
email: Dirk.Neumann(a)zsm.mwn.de

Postanschrift:

Staatliche Naturwissenschaftliche Sammlungen Bayerns
Zoologische Staatssammlung M&uuml;nchen
Dirk Neumann, Sektion Ichthyologie / DNA-Labor
M&uuml;nchhausenstr. 21
81247 M&uuml;nchen

Besuchen Sie unsere Sammlung:
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.zsm.mwn.de/ich/">http://www.zsm.mwn.de/ich/</a>

---------

Dirk Neumann

Tel: +49-89-8107-111
Fax: +49-89-8107-300
email: Dirk.Neumann(a)zsm.mwn.de

postal address:

Bavarian Natural History Collections
The Bavarian State Collection of Zoology
Dirk Neumann, Section Ichthyology / DNA-Lab
Muenchhausenstr. 21
81247 Munich (Germany)

Visit our section at:
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.zsm.mwn.de/ich/">http://www.zsm.mwn.de/ich/</a>
</pre>
  </body>
</html>